Eine Mikroorganismenkultur entsteht durch die Kultivierung von Mikroorganismen. Dabei wachsen die Organismen durch Zellteilung in einem für sie geeigneten Kulturmedium unter kontrollierten Bedingungen, unter anderem eine bestimmte Temperatur und die Anwesenheit oder das Fehlen von Sauerstoff. Anhand einer Mikroorganismenkultur lässt sich der verwendete Organismustyp näher untersuchen. So kann beispielsweise eine Bakterienkultur aus einer Probe isoliert werden, um die darin enthaltenen Bakterien nachzuweisen. Dies kann sich auf Krankheitserreger beziehen, aber genauso auf Mikroorganismen, die z. B. natürlicherweise in einer Bodenprobe enthalten sind.
Mikroorganismenkulturen werden für viele Zwecke eingesetzt. Sie finden in biotechnologischen Produktionsverfahren Verwendung, um z. B. Enzyme oder Vitamine herzustellen; in der Pharmazeutischen Biotechnologie, um z. B. Antibiotika zu produzieren, oder in der Gentechnik, um gentechnisch veränderte Organismen mit spezifischen Eigenschaften zu erzeugen.
In der Mikrobiologie unterscheidet man verschiedene Kulturtechniken, von denen die Reinkultur, die Anreicherungskultur, die Flüssigkultur und die Kultur auf „festen“ Gel-Nährböden zu den wichtigsten zählen. Weiterhin gibt es den Bereich Zellkultur, dieser beschreibt Kulturen von eukaryotischen Zellen, also tierischen oder pflanzlichen Zellen.
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